John Paul Jones est un film qui relate la vie et la carrière d’un officier de marine écossais et héros de la guerre d’indépendance des États-Unis.
Depuis 1980, il collabore avec R.E.M., Heart, Ben E. King, The Mission, La Fura del Baus, Brian Eno et The Butthole Surfers. Il apparaît dans un certain nombre de sessions et de vidéos pour Paul McCartney et participe à la bande sonore du film Give My Regards to Broad Street. En 1986, le réalisateur Michael Winner demande à Jones de fournir la musique du film Scream for Help dans laquelle Jimmy Page apparaît sur deux pistes. Pour l’anecdote, notons qu’il joue de la basse sur un titre du premier album solo de Manu Katché It’s about time en 19919. En 1992, il participe à l’enregistrement du morceau Fourteen black Paintings sur l’album US de Peter Gabriel. Il enregistre et tourne avec Diamanda Galàs sur son album The Sporting Life (1994). Jones a créé son propre studio d’enregistrement (Sunday School) et s’implique dans la carrière de chanteuse de sa fille, Jacinda Jones.
Zooma est son premier album solo (septembre 1999) suivi par Thunderthief (2001) qui marque son début en tant que chanteur.
Il a produit par ailleurs le second album du groupe néo-zélandais The Datsuns.
Le 29 août 2003, John participe au concert Guitar Wars du Hard Rock Cafe au Japon avec, entre autres, Steve Hackett, Pat Mastelotto, Roger King, Paul Gilbert et Nuno Bettencourt. Seront interprétées des pièces de Led Zeppelin ainsi que de Genesis et Hackett, tel que « When the levee breaks » avec une performance incroyable au lap-steel guitar de Jones, une version acoustique de « Going to California », ainsi que « Firth of fifth », « Dark Town » et Los Endos ».
Le 27 octobre 2008 il déclare dans le magazine Rolling Stone que Led Zeppelin allait se reformer et partir en tournée en 2009 sans Robert Plant10.
Il est depuis 2009 bassiste du supergroupe de Hard Rock Them Crooked Vultures en compagnie de Josh Homme et Dave Grohl.